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PN运输至小肠粘膜并到血流中，也可在肠粘膜中合成PNP，约为剂量30.6%，血流中PN可扩散到肌肉中，然后磷酸化约占剂量的10.4%～15.7%。在人体给以PN后，血浆PL可以增加12倍，血浆中PLP虽占血浆中维生素B6的60%，但与蛋白相结合，不易为其他细胞所利用。血浆中PL与白蛋白结合不牢固，为运输的形式，能被组织摄取与清除，并氧化为PA。PN及PL通过扩散进入到红细胞中，并为激酶磷酸化。人的红细胞可将PNP氧化PLP，其他动物如大鼠无此功能。PN在超过红细胞PL激酶饱合浓度时，可在3～5min进入到红细胞中，细胞内的浓度与培养基浓度一致。PL在浓度超过红细胞磷酸激酶的浓度时，进入红细胞的量增加，使其浓度比培养基中要高这是由于PL与血红蛋白α-链中末端缬氨酸相结合，所以PL在红细胞中积累，它在红细胞中的浓度可为血浆中之4～5倍。红细胞中的PL可能也是一种运输方式。
肝也是维生素B6代谢活跃的组织。PN为肝细胞纳入后，相继为PL激酶及PNP氧化酶作用而生成PLP，然后再经磷解作用而转变为PL，进入循环系统中，运至有磷酸激酶的组织形成PLP。
在脑切片及分离脉络丛中，没有PN，均是磷酸化合物、脉络丛为运输PN从血到脑脊液的场所。在维生素B6缺乏的动物（大鼠）PL激酶有所下降，饲料5周的大鼠肝中，PL肝激酶下降50%而脑中仅下降14%。这也说明维生素B6对神经系统的重要性。
储存

维生素B6在血流中可扩散到肌肉中而磷酸化，若PN剂量增加，肌肉中PN占剂量的百分数增加，而PNP的百分数减少。在肌肉中未发现PNP氧化到PLP。在大鼠60%维生素B6在肌肉中，其中75%～95%与糖原磷酸化酶（Glycogenphosphorylase）相。此酶占肌肉可溶性蛋白之5%，可能为维生素B6的储存场所。通过肌肉蛋白的转换，将维生素B6分解出来以满足zui低需要量。
排出

维生素B6的主要代谢产物PA，可代表维生素B6摄取入量的20%～40%，尿中PA只可为摄入量的指标。而不能代表体内的储存。尿中除PA外，尚有小量的PN、PL等。给以生理剂量时，在3h内大部分以PA排出。PN在肾小管中积累，当PN浓度较大时，可由肾排出。因此PN剂量10mg时，尿中PA占剂量的百分数减低，但PN的排出增多。PL不易被肾排除，也不易被肾纳入，纳入后以磷酸化形式积累。但人口服大剂量（100mg）PL、PM、PN后，在36h内大部分原物从尿中排出。

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