分析病毒

分析病毒

艾默里大学生物学副教授Katia Koelle说，SARS-CoV-2病毒变种的出现在对抗CO-VID-19的斗争中增加了曲折，表明需要对该病毒进行更好的基因组监测。

Koelle说：“改进的跨州SARS-CoV-2基因组监测确实将帮助我们更好地了解引起大流行的病毒在美国的发展和传播。”“需要更多的联邦资金，以及用于样本收集和基因测序的集中标准。研究人员需要访问此类元数据，以便更好地跟踪病毒在地理上的传播方式，并确定可能难以控制的任何新变种，以便卫生官员可以更快，更有效地做出反应。”

Koelle研究了病毒进化与病毒传染病流行病学传播之间的相互作用。她是《观点》文章的高级作者，该文章刚刚发表在《科学》杂志上，有关SARS-CoV-2测序对控制CO-VID-19大流行的重要性。

迈克尔·马丁(Michael Martin)是埃默里(Emory)的人口，生物学和生态计划的博士研究生，也是科勒(Koelle)实验室的成员，是《科学》杂志的第-一作者。大卫·范因斯伯格(David VanInsberghe)是科勒实验室的博士后研究员，是该书的合著者。

马丁说：“对SARS-CoV-2的研究一直以迅雷不及掩耳的速度进行。”“这种加速为我们提供了迄今为止-快的针对疾病的大数据集之一。到目前为止，我们已经学到了很多关于这种病毒如何传播和适应的知识，但是我们仍然有很多盲点需要解决。”

基因组是生物体的遗传物质。人类基因组由双链DNA组成，以四个不同的核苷酸碱基字母编码。一个人类基因组由超过30亿个碱基对组成。相反，包括SARS-CoV-2在内的冠状病毒的基因组是由RNA组成的，RNA的结构比DNA更简单。例如，SARS-CoV-2基因组由一条只有30,000个字母长的RNA链组成。排序是一种可以读取这些字母的技术。

本文总结了有关SARS-CoV-2的关键见解，这些见解已通过从各个患者样品中对其基因组进行测序而获得。它还列举了仍然存在的挑战，包括将元数据收集和整合到遗传分析中，以及需要开发更有效和可扩展的计算方法以应用于成千上万的基因组的需求。