萘酚黄S染色 在植物种子中，无定形蛋白质常被一层膜包裹成圆球形颗粒，以糊粉粒的形式存在与植物细胞中。当种子萌发时这些蛋白质可以被利用。萘酚黄S可与蛋白质反应产生黄色。本染色主要用于植物种子的蛋白质染色。

蜡质叶片油红O染色 油红O（Oil Red O）是一种脂溶性偶氮染料，是很强的脂溶剂和染脂剂，能特异性地使组织和细胞内中性甘油三脂、脂质以及脂蛋白等染色。当组织切片置入染液时，染料则离开染液而溶于组织内的脂质（如脂滴）中，使组织内的脂滴呈红色。用于分析细胞样品中脂质状况。油红O染色法，由于其观察性更好，染色更深，因此，目前已广泛的替代了其他脂质染色法，如苏丹III、染色法等。

NBT染色 活性氧（ROS）是指机体内或者自然环境中由氧组成，含氧并且性质活泼的物质的总称，主要是有一种激发态的氧分子（O2）。超氧阴离子自由基（O2¯）是其中的一种含氧自由基，将NBT还原成不溶于水的蓝色甲䐶，可定位O2¯的产生部位。

间本三酚木质素染色 间本三酚反应是植物纤维化学中确定木质化细胞壁的zui常用和zui简单的方法。这一反应的原理是当间本三酚在酸性环境下与细胞壁中的木质素相遇时，发生樱桃红色或紫红色反应。

碘-碘化钾染色能将淀粉染成蓝色，蛋白质染成黄色，常用于植物组织化学鉴定。和形态结构观察。

苯胺蓝染色 用于鉴别真菌，真菌的等电点较低，在液体环境中一般带负电荷，对于碱性染料有吸附作用，而苯胺蓝是一种碱性染料，可以和带负电荷的真菌结合，使真菌着色。

番红-固绿染色（植物） 植物番红固绿染色，石蜡切片技术里用观察植物组织的形态结构。韧皮部形成层芽尖根尖分生去等新生组织结构呈绿色，木质化木酸化的结构呈红色（软化后的木质化结构成分流失，结果呈绿色）。

植物硬组织切片甲苯胺蓝染色 硬组织切片针对未经化学试剂软化的硬组织，能很好地保留木质部结构和成分。甲苯胺蓝（Toluidine Blue O）是一种多色碱性染料，可使植物组织和细胞的不同成分染成不同的颜色。木质化部分呈蓝绿色，韧皮部呈蓝紫色，其他部分呈浅的蓝绿色。