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茜素红染色 茜素红染料与碳酸钙或磷酸钙中的钙盐螯合形成橙红色复合物。主要是证明组织中钙盐的存在。病理性钙化是相当常见的一种病理变化，例如结核干酪样坏死灶的钙化，主动脉粥样硬化时病变动脉壁的钙化，死的寄生虫卵和其他异物钙化，灶性脂肪坏死的钙化等。
goldner三色法染色 Goldner三色法染色主要是对骨组织的矿化骨与非矿化骨（类骨质）进行区分，其染色原理与阴离子染料分子的大小和组织的渗透性有关。此法主要用来观察骨缺损后修复过程中骨痂形成的过程。Goldner三色法与骨组织masson染色相比，前者主要区分矿化骨和非矿化骨，后者主要通过骨胶原的老化程度来判断骨组织的成熟度。
番红-固绿染色（软骨）在涉及关节软骨及软骨下骨的形态学研究中，常需联合使用多种染料以显示其组织学结构。其中，起源于上世纪60年代的番红O（safranin O）-固绿（fast green）染色因可以直观反映关节软骨、软骨下骨和骨组织的结构而备受青睐。软骨呈红色，成骨呈绿色。
ALP碱性磷酸酶染色 碱性磷酸酶染色,又称Alp染色，是用于检测骨细胞、骨组织、肾、肝碱性磷酸酶的染色方法，使碱性磷酸酶呈黑色，细胞核呈浅蓝色，这是成熟成骨细胞的标志性酶;也可用于肝炎和肾炎的检测。
TRAP染色 抗酒石酸酸性磷酸酶染色,又称Trap染色，是用于检测骨、骨细胞中破骨细胞的染色，使破骨细胞呈红色，细胞核浅蓝色，用以显示破骨细胞的分布及数量变化。
刚果红染色 淀粉样蛋白对刚果红有选择亲和力，因此容易着染。据认为刚果红是一种分子为长线状的偶氮染料，其上的氨基容易和淀粉样蛋白的羟基结合，平行地附着在淀粉样蛋白的纤维上而显色。
TTC染色（梗死） TTC染色，用于检测哺乳动物组织的缺血梗塞。TTC是呼吸链中吡啶—核苷结构酶系统的质子受体，与正常组织中的琥珀酸脱氢酶反应而呈红色，而缺血组织内脱氢酶活性下降，不能反应，故不会产生变化呈现苍白色。
ES染色 石蜡切片技术里用于观察有髓神经纤维的受损情况，髓鞘是包裹在神经细胞轴突外面的一层膜。神经纤维受损时，如多发性硬化症，脑脊髓炎等疾病均可导致髓鞘的变形，崩解或脱失。神经髓鞘呈黑色圆环状，背景近无色。
LFB染色又称固蓝染色（FAST BLUE），一般染脑、脊髓、外周神经。神经髓鞘呈亮蓝色，背景无色至浅蓝色，主要用来显示神经髓鞘的形态结构及病理变化
尼氏染色 Franna Nissl （1860-1919） 1892年创立了Nissl染色法，以发现Nissl小体和Nissl变性而闻名它能够清楚地显示软骨形态潮线等结构，观察软骨组织是否有损伤。能将组织内的肥大细胞清晰地显示出来，便于观察肥大细胞的数量分布变化情况及观察肥大细胞是否有脱颗粒现象。
甘氨酸银染色（镀银）染色 甘氨酸银又叫镀银。染色将神经突触，神经细胞内胶原纤维，神经元纤维缠结，老年斑和树突着上黑色，切片的其他组织及背景呈现金黄色。
AB-PAS染色 石蜡切片技术里常用的检测肠、胃中酸性和中性粘液物质的染色方法。组织中的糖原、中性粘液物质呈红色，酸性粘液物质呈蓝色，混合性粘液物质呈蓝紫色或紫蓝色。主要用于区分中性和酸性粘液，及二者的比率。有些癌细胞可以通过此染色方法进行区分属于什么性质的癌。
