LncRNA测序（人/小鼠/大鼠）10-12G

LncRNA测序（人/小鼠/大鼠）10-12G

服务介绍：

lncRNA（Long non-coding RNA ，长链非编码RNA）是生物体内一类长度大于200个碱基的非编码线性RNA，广泛存在与真核生物细胞中。在表观遗传、转录以及转录后等多种水平上对生命活动进行关键性的调控，并且与癌症等多种疾病的发生发展存在密切的关系。

实验流程：

样本处理-TotalRNA抽提与质检-去除rRNA-构建dUTP链特异性文库-PE150测序-数据分析； 

送样运输要求：

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品的量：新鲜组织 ≥300mg, 细胞样品≥1×107个,  RNA样品需提供5μg以上的总RNA

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。 

主要问题：

1. lncRNA有什么功能?主要用于那些研究?

主要有四方面功能:第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其它tRNA的调控作用。

lncRNA适用于疾病特异标志物寻找，功能基因组研究等。

2. lncRNA的建库方案?

长非编码RNA建库主要采用ribozero kit去除rRNA，根据客户需求建链特异性文库or普通文库。

3. 为什么要去rRNA?

RNA测序其实想得到的是mRNA和lncRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA，这些RNA的信息是无用的，所以需要去掉。

4. 什么是链特异性文库?

链特异性文库是在RNA-seq文库构建时，经过简单处理，在合成第二条cDNA链时，替换dTTP为dUTP，加上接头后降解第二条链。与普通文库相比，链特异建库可以帮助我们确定转录本来自正链还是负链，使得反义转录本的定量更为准确。

5. 为什么不用oligo(T)的方法提取RNA?

大部分的lncRNA不含polyA，但是还有24%左右的lncRNA含有polyA。

6. 测序的数据量要求多少?

测序模式：2×150bp；数据量：10G/sample。

7. LncRNA-seq中的数据是否同时有lncRNA和mRNA?

根据rRNA去除的建库方案，测序结果中既包含lncRNA，也包括mRNA，所以客户在做lncRNA项目的同时，也可以利用同一套测序数据进行mRNA的分析。

8. lncRNA-seq分析内容有哪些?

分析报告包括：测序数据质量分析、参考基因组比对分析、转录组组装与新转录本预测、新长链非编码RNA预测、已知转录本和新长链非编码转录本的差异表达、长链非编码 RNA 靶标基因预测、差异基因功能分析、以及GSEA富集分析。

9. lncRNA在动物中的研究主要集中在那些方面?

lncRNA在四足动物(两栖类，爬行类，鸟类，哺乳类)中都有报到，但是主要集中在人和小鼠中，主要与癌症，神经系统类疾病以及其他综合症疾病相关，有报道的主要相关疾病列表如下:癌症(肝癌，食道癌，前列腺癌，白血病，肺癌，结肠癌，B细胞瘤，卵巢癌，乳腺癌，皮肤癌，内分泌性肿瘤)，神经系统类疾病(精神分裂症，Prader-Willi综合症，自闭症)，综合症类疾病(DiGeorge综合症，Russell-Silver综合症，Beckwith-Wiedemann综合症)

10. lncRNA在植物方面的研究主要有哪些?

植物方面，在拟南芥，水稻，玉米，小麦等植物中检测了lncRNA。lncRNA在植物中的调控机制可能有四种:靶基因相似，转录干扰，RPC2相关的组蛋白和DNA甲基化，主要与植物开花，雄性不育，胁迫反应，营养代谢相关。